代谢组学主要研究的是作为各种代谢路径的底物和产物的小分子代谢物（分子量<1000）。其样品主要是血浆或血清，尿液，唾液，以及细胞和组织的提取液。我们也和一些公司或单位（如烟草公司、茶叶公司、制酒公司、酸奶公司、医院等）合作，做过植物，真菌，微生物提取物，脑脊液，淋巴液，昆虫血淋巴，羊水，卵泡液，膝盖滑液，眼泪，精液，胎盘，粪便及肠道内容物提取液等。

不同的质谱平台灵敏度及偏向性都不一样，而且不同平台之间具有互补性。一般来说GC/MS检测血清样品能准确定性的物质约200个左右，检测尿液样品定性的物质约200个左右，其他样品（如肝脏，粪便，肠道内容物）也在几百这个数量级。如果采用全二维GC/MS，物质的数量要更多，可达1千以上。LC/MS检测物质的数量要远比GC/MS多，但能准确定性和定量的不多，视不同的平台(TQ、QTOF等)能达到几十至2-3百个物质。

• 微生物和细胞样本：迅速钝化代谢活动（淬灭），同时保持细胞不裂解；
• 动物体液（如尿、血、组织、器官、唾液）：采样后要迅速预处理，如加入抗凝血剂、防腐剂，并立即冷冻处理（-80 ℃）；
• 植物样本：采集后迅速冷冻（液氮），然后转入-80℃保存，200mg/例；
• 血清样品：150uL/例，一定避免反复冻融。血液收集在离心管中静置30分钟进行凝血。8000rpm离心10分钟，取上清分装到冻存管中，放置液氮中或-80度冻存；
• 尿液样品：200uL/例，原则上可以多取一点，记录尿液总体积，临床样本请全部取清晨第一次尿液。尿液直接分装到离心管中，8000rpm离心10分钟，取上清分装到冻存管中，放置液氮中或-80度冻存，-80度冻存；
• 其他样本收集办法请咨询本司工作人员。

• 代谢组学的研究处于生物信息流的中游，介于基因、蛋白质和细胞、组织之间，在生物信息的传递中起到承上启下的作用。
• 小分子的产生和代谢是基因表达的下游产物，生物体液的代谢产物分析能够更直接，更准确的反映生物体的病理生理状态。
• 代谢物的种类少，大约在10³个数量级，要远小于基因和蛋白质的数据，物质的分子结构要简单得多，分析起来更简单明了。
• 代谢组学的代谢物信息库简单，它远没有全基因组测序及大量表达序列标签的数据库那么复杂。
• 基因和蛋白质表达的有效微小变化会在代谢物上得到放大，从而使检测更容易。
• 代谢产物在各个生物体系中都是类似的，所以代谢组学研究中采用的技术更容易在各个领域中通用，也更容易被人接受。

• 疾病机制研究
• 疾病诊断与防治
• 新药筛选和开发
• 药物作用机制的研究
• 药物毒性评价
• 植物的细胞代谢组学研究
• 微生物代谢组学研究