转录组测序(RNA-Seq)

转录组(Transcriptome)是指一个活细胞所能转录出来的所有RNA的总和,是研究细胞表型和功能的一个重要手段。转录组学(Transcriptomics)是使用高通量测序技术,全面快速获取某一物种特定组织或器官在某一状态下RNA序列信息,并对其结构和表达信息进行分析。可用于预测基因结构、可变剪切和其他转录修饰,并可定量测定每个转录本在生长过程中和不同条件下表达水平的变化。

(Schematics of RNA-Seq workflow. Wang Y et al., Bioinformatics. 2011)

麦特绘谱可提供的技术服务:

1)真核有参转录组测序

真核生物转录组测序可以分为有参和无参的情况。真核有参转录组测序,指对已有参考基因组的真核生物或其组织、细胞等进行转录组测序。通过与参考基因组比对,可验证转录组测序的测序饱和度和基因覆盖度,同时可获得基因结构、基因表达差异,和可变剪接等信息。

2)真核无参转录组测序

真核生物转录组测序可以分为有参和无参的情况。真核无参转录组测序,指在无参考基因组的情况下,对真核生物转录组进行测序。真核无参转录组测序在获得原始数据后,首先要进行质控拼接为unigene,再以unigene为参考序列进行后续分析,包括功能注释、SNP、SSR标记开发等。也可以对多个样本进行差异基因表达分析和差异基因功能富集分析等,用于发现功能基因,为下一步研究提供方向。

3)原核转录组测序

原核转录组测序可以从基因表达量、基因结构和sRNA调控功能三维度揭示不同生物性状的分子调控机制。如通过计算各组间的差异基因并对差异基因进行富集分析,获得对生物性状影响较大的通路信息;通过预测基因的反义转录本,丰富基因组注释内容;研究sRNA对mRNA的相互作用,从分子调控角度解释生物性状之间的差异。

4)全转录组测序

全转录组即特定细胞或组织在某一功能状态下转录产物 (mRNA、 LncRNA、 CircRNA 以及 microRNA) 的合集。全转录组测序可对同一个样品同时进行 mRNA、 LncRNA、 CircRNA 和 microRNA 的单独分析,还可进行多种 RNA联合分析以及内源竞争性 RNA 整合分析,分子标记筛选等,探究其潜在的调控网络机制,揭示转录调控问题。主要应用于免疫机制、疾病领域、发育进化、致病机理和药物靶标等方面的研究。

5)三代全长转录组测序

基于三代测序平台的全长转录组测序,可直接获取mRNA全长序列,更为准确地解读mRNA结构信息,重点关注基因的可变剪切、融合基因等。应用领域:获得基因组未知物种的基因集,用于基因功能研究;基因结构差异分析;发现新转录本;分子机制研究;基因表达调控研究等。

样本收集方案及所需样本量

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