代谢组学主要研究的是作为各种代谢路径的底物和产物的小分子代谢物（分子量<1000）。其样品主要是血浆或血清，尿液，唾液，以及细胞和组织的提取液。我们也和一些公司或单位（如烟草公司、茶叶公司、制酒公司、酸奶公司、医院等）合作，做过植物，真菌，微生物提取物，脑脊液，淋巴液，昆虫血淋巴，羊水，卵泡液，膝盖滑液，眼泪，精液，胎盘，粪便及肠道内容物提取液等。