在进行统计分析之前，我们需要将仪器采集的质谱数据转换为分析软件可读的数据矩阵。这其中涉及的数据处理包括基线矫正、去噪、平滑、解卷积、积分、定性、保留时间矫正和峰匹配（peak alignment）过程，最终输出一张包含样本、代谢物、保留时间和峰面积等信息的表格。商用处理软件有我公司的XploreMET、LECO公司的ChromaTOF和Spectral Works公司的 AnalyzerPro。免费的软件有Scripps研究所的XCMS、开源的MZmine 2和日本理化研究所Hiroshi Tsugawa博士主开发的MS-Dial。在使用之前，你需要将原始质谱数据转换为通用的数据格式如netCDF和mzML，或软件要求的其他格式。