不同的质谱平台灵敏度及偏向性都不一样，而且不同平台之间具有互补性。一般来说GC/MS检测血清样品能准确定性的物质约200个左右，检测尿液样品定性的物质约200个左右，其他样品（如肝脏，粪便，肠道内容物）也在几百这个数量级。如果采用全二维GC/MS，物质的数量要更多，可达1千以上。LC/MS检测物质的数量要远比GC/MS多，但能准确定性和定量的不多，视不同的平台(TQ、QTOF等)能达到几十至2-3百个物质。