技术问答

使用临床样本进行代谢组学研究大概需要多少样本数量?另外如何控制临床样本的质量?

对于临床的样本建议每组最低50个生物学重复,如果能从大量样本遴选排除其他疾病干扰或者是性别、年龄、BMI指数均一的样本是最理想的,另外样本重复数越多数据结果越可靠。

是否可以通过代谢组学研究来预测肝脏疾病可能的损伤类型?

可以,最近我们做了一个很有意思的研究。通过对人群进行一定的负载,我们利用胆汁酸、脂肪酸(含短链脂肪酸)、氨基酸肉碱就能够很好的判断肝脏的损失情况,并且还有另外的一组数据显示,肝功能指标正常,胆汁酸的异常已经很明显,所以我们认为胆汁酸可以用于肝脏损伤的类型来研究。

对于临床样本而言,寻找生物标志物时个体差异太大了,请问关于找标志物组大概是怎么做的?
  1. 代谢组学首先要控制样本质量,性别、年龄、收集疾病用的正常对照要在同一家医院、如果多中心的(各个中心都要收集对照)这些可控的因素要控制好,后续虽然也有矫正方案,但不如开始的时候就考虑进去为好。
  2. 样本数目, 这个和疾病相关。
  3. 统计方法,多维统计的方法往往比单维统计在找代谢物组上有优势,两种方法互为补充和验证。
采用动物模型进行非靶向代谢组学研究时,其饮食对于代谢物是有影响吗?请问关于动物的饮食有什么注意事项?

很好的问题。动物的饮食量、饮水量都要忠实记录。在后续的分析当中会用到。硅烷化衍生的气质联用的非靶向技术平台可以有效的避开食物、植物和药物代谢物的影响,这也是为什么我们优选这个平台快速筛选出差异代谢物和代谢通道。

做代谢组学必须要自己建立一个标准品library吗?

是必须的!全世界代谢组学最好的公司Metabolon、Biocrates,包括我们麦特绘谱的共性即是强大的代谢组学标准品库。对于非靶向代谢组学研究来说,没有标准品库,就没办法进行准确定性,对于定量代谢组学而言,没办法获得标准曲线和质控。

用串联质谱用于生物标志物的鉴定的话,谱图吻合度多高可以确认?

不管是串联质谱还是时间飞行质谱,没有标准品物质的保留时间和质谱信息的鉴定都是不精确的。没有保留时间(单靠质谱信息或精确分子量)的判断只能是推断,需要进一步用标准品来验证。如果经费有限,建议采购匹配度最高的标准品物质来排查。

什么是代谢组学?代谢组学是用来解决什么问题的?

代谢组学(Metabonomics/Metabolomics)是20世纪90年代末期发展起来的一门新兴学科,是研究关于生物体被扰动后(如基因的改变或环境变化后)其代谢产物(内源性代谢物质)种类、数量及其变化规律的科学。代谢组学着重研究的是生物整体、器官或组织的内源性代谢物质的代谢途径及其所受内在或者外在因素的影响及随时间变化的规律。代谢组学通过揭示内在和外在因素影响下代谢整体的变化轨迹来反映某种病理生理过程中所发生的一系列生物事件。

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